Werner Meißner studierte Volkswirtschaftslehre und Ökonometrie an den Universitäten Köln, FU Berlin, Stanford, Darmstadt und Uppsala. Er ist Professor an der Goethe-Universität Frankfurt und hatte Gastprofessuren in Stockholm, Göteborg, Wien und Toronto. Von 1994 bis 2000 war er Präsident der Goethe-Universität. Seit 2004 ist Meißner Präsident der privaten accadis Hochschule in Bad Homburg. Er lebt in Frankfurt und Berlin.